Инициатором создания женской монашеской общины стал протоиерей Мензелинского собора Александр Шильнов. Около 1840 г. возле кладбищенской церкви во имя Святого Пророка Ильи стали селиться вдовы и сироты. В 1855 г. Синод принял женскую общину в свое ведомство, а в 1860 г. по указу Александра II был образован Пророко-Ильинский женский монастырь III класса, с содержанием только за свой счет, без всякого пособия от казны.

Источниками существования монастыря стали около 150 десятин земли, пожертвованные мензелинскими мещанками Собиной и Реутовой (будущими игуменьями), и наследниками протоиерея Шильнова. 4 тысячи рублей пожертвовал елабужский купец Иван Стахеев. Немалые пожертвования монастырь получал каждый год от участников Мензелинской ярмарки.

Монастырь развивался достаточно успешно, во-первых, потому, что это был лишь второй монастырь в огромной Уфимской губернии, он был богаче других женских монастырей на нижней Каме (Елабужского, Чистопольского и Лаишевского), а во-вторых, благодаря энергичной деятельности двух первых игумений. Ими были те самые мещанки, которые пожертвовали монастырю основную часть земли: в 1860-1880 гг. - Евгения (Ефросинья Федоровна Собина), в 1880-1905 гг.-Филарета (Доминика Александровна Реутова).

В городе за каменной оградой находились три храма, в том числе один каменный и около двух десятков жилых и хозяйственных построек. Кроме того, в 5 км от города, за рекой Мензелей, находилось монастырское хозяйство с десятками работников (ныне поселок совхоза им. Воровского). В начале XX в. число монахинь и послушниц в Мензелинском монастыре превышало 300. Кроме того, здесь жили десятки призреваемых сирот и престарелых.

Монастырь был закрыт в 1921 г. К настоящему времени в городе сохранилась часть ограды и некоторые второстепенные постройки, а в совхозе им. Воровского каменная церковь в честь Преображения Господня.